Cốt truyện chính của phần 4 tập trung vào một nhóm người được tuyển dụng bởi đặc vụ Don Self thuộc Cục An Ninh Nội Địa, nhằm chiếm đoạt Scylla. Ban đầu, nhóm tin rằng Scylla là một danh sách đen của "the Company", một tổ chức bí mật quyền lực. Tuy nhiên, sau đó họ phát hiện rằng Scylla chứa thông tin về một loại năng lượng mới có khả năng tái sinh.Trong nửa đầu của phần 4, nhóm cố gắng lấy được thẻ truy cập Scylla và xâm nhập vào trụ sở của "the Company" để ăn cắp nó. Trong quá trình này, Sara được phát hiện còn sống và đặc vụ Self, một thành viên của nhóm có hai mặt, lập kế hoạch để bán Scylla cho người trả giá cao nhất. Mặc dù không muốn, Lincoln quyết định tham gia vào "the Company" để lấy lại Scylla, trong khi Michael đối mặt với căn bệnh u não được gọi là "hypothalamic hamartoma". Michael nhận được sự điều trị từ "the Company".Sau đó, Michael phát hiện rằng mẹ của anh, Christina, vẫn còn sống và là một thành viên của "the Company", chính bà là người đứng đằng sau việc chiếm đoạt Scylla để bán cho người trả giá cao nhất. Cuối cùng, câu chuyện kết thúc tại Miami, nơi Michael và nhóm nghiên cứu thu hồi Scylla, "the General" và "the Company" bị tiêu diệt, và Christina bị giết.
Bình luận phim Vượt Ngục - Phần 4